Počátky soudního lékařství v českých zemích sahají daleko do 16. století, kdy se objevují zprávy o přítomnosti ranhojičů, léčitelů a chirurgů u podezřelých úmrtí nebo u podezření na otravu. Pražská lékařská fakulta začala podávat odborné posudky již v druhé polovině 17. století. Z té doby se dochovaly zprávy o exhumaci těla k posouzení, zda na těle byly bodné rány.
Vzhledem k součinnosti s policií a soudní mocí patří soudní lékařství mezi nejdůležitější medicínské obory a na pražské lékařské fakultě má dlouhou historii. Posudky o zdravotním stavu začala podávat již v druhé polovině 17. století. Budova Hlavova ústavu byla otevřena v roce 1921, tedy právě před sto lety. Za tu dobu zde byl proveden nespočet pitev, toxikologických vyšetření a znaleckých posudků, které pomohly objasnit onemocnění, úrazy, intoxikace i velké kriminální případy.
Soudní lékař se musí vyznat v hned několika medicínských oborech. „Základem je dobrá znalost patologie. Ten, kdo se chce soudnímu lékařství věnovat, musí absolvovat specializační výcvik na patologii a teprve pak na soudním lékařství – trvá to celé pět let,“ vysvětluje zástupce přednosty doc. MUDr. et MUDr. Alexander Pilin, CSc. Dále je velmi důležitá znalost histologie, čili vyšetřování tkáňových změn, které může například ukázat, zda ke zranění zemřelého došlo zaživa, nebo až po smrti. Soudní lékař musí ovládat také chirurgii a traumatologii, která je nezbytná pro posuzování mechanismu vzniku poranění a způsobu léčení. Rozumět musí i interní medicíně a toxikologii a v současné době se neobejde bez znalostí molekulární genetiky a pokročilých zobrazovacích metod.
„Soudní lékařství zasahuje skutečně do mnoha odvětví medicíny a kdo je hloubavý, má rád napětí, překvapení a rád přemýšlí i o zdánlivě nesouvisejících detailech, najde v našem oboru uplatnění,“ míní doc. Pilin. Ústav se v minulosti podílel na vyšetřování mnoha nechvalně proslulých zločinů, jako třeba v případě tzv. spartakiádního vraha Jiřího Straky nebo neobjasněného úmrtí Jana Masaryka.
Soudní lékařství se stále vyvíjí a vědci v Hlavově ústavu již mnohokrát významně přispěli k rozvoji svého oboru. V současnosti se odborníci pomocí molekulárně genetických metod podílí na studiu náhlé srdeční smrti u mladých osob, zabývají se také možnostmi identifikace osob stomatologickými metodami a rozvíjejí se tu i metody forenzní molekulární biologie. V oblasti toxikologie vědci zkoumají nové návykové látky a vyvíjí metody potřebné pro diagnostiku intoxikací a nadužívání drog.
Ústav soudního lékařství a toxikologie se jako součást 1. lékařské fakulty UK podílí také na pregraduálním a postgraduálním vzdělávání budoucích lékařů i dalších odborníků. Kromě studentů všeobecného a zubního lékařství i nelékařských oborů se zde vzdělávají také studenti Přírodovědecké fakulty UK.
Ústav soudního lékařství po rozdělení Karlo-Ferdinandovy univerzity na českou a německou větev sídlil v Kateřinské ulici. Zásluhou profesora Hlavy se začala od roku 1908 projektovat stavba současné budovy v dnešní Studničkově ulici. Monumentální novoklasicistní stavba s prvky purismu a funkcionalismu byla dokončena v roce 1921. Současný Ústav soudního lékařství a toxikologie 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy a Všeobecné fakultní nemocnice v Praze vznikl v roce 1999 sloučením dvou pracovišť – Ústavu soudního lékařství a Ústavu pro toxikologii a soudní chemii.